Sua poesia marca a transição entre a geração ultra-romântica de Álvares de Azevedo e a geração condoreira de Castro Alves, passando por vários temas comuns do Romantismo vigente.A ingenuidade, e a paixão incontida, que o aproxima da poesia de Casimiro de Abreu, está sempre presente nos seus versos dedicados ao amor, à musa idealizada e perfeita. A sua religiosidade também é sempre forte e visível. Seus versos melosos, muitas vezes superficiais e de linguagem simples, convivem com obras-primas do mais puro e sincero sentimento humano, como é o caso de "O Cântico do Calvário", dedicado ao filho que perdeu.
Fagundes Varela foi um dos mais fervorosos poetas a cantar a natureza e suas belezas, que servem de alívio à sua debilitada vida errante. A exaltação à pátria também é marcante, onde o poeta canta as grandezas da nação e seu povo, bem como a figura ilustre de D. Pedro II. Essa exaltação muitas vezes entra em conflito com o inconformismo e a inadequação à sociedade, o que o leva a escrever sobre os problemas sociais, aproximando-o da poesia condoreira da terceira e última geração romântica.
